1) Được thành lập theo Quyết định số 272/TS/QĐ ngày 14/4/1984 của Bộ trưởng Bộ Thủy sản trên cơ sở chuyển Trung tâm Nghiên cứu Thủy sản miền Trung thuộc Trường Đại học Thủy sản thành đơn vị trực thuộc Bộ Thủy sản (nay là Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn).
Lúc mới thành lập, số lượng cán bộ của Viện chỉ có 14 người (1 tiến sỹ và 10 đại học), chất lượng còn thấp, các vị trí công tác thường phải kiêm nhiệm nhiều công việc và chỉ đáp ứng các yêu cầu nhiệm vụ trước mắt.
2) Do yêu cầu nhiệm vụ và đặc thù hoạt động của các tổ chức nghiên cứu khoa học theo vùng sinh thái; theo đề nghị của Bộ Thủy sản, ngày 14/10/2004 Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 1105/QĐ-TTg về việc đổi tên Trung tâm Nghiên cứu Thủy sản III thuộc Bộ Thủy sản thành Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản III và Bộ trưởng Bộ Thủy sản đã có Quyết định số 27/2004/QĐ-BTS ngày 17/12/2004 về việc Quy định chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản III.
Và từ đó, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản III thực hiện các chức năng chính gồm: Nghiên cứu môi trường, các vấn đề về giống, nuôi trồng, bệnh thủy sản, công nghệ sau thu hoạch; Bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản nội địa và ven biển; Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật và công nghệ mới vào sản xuất thủy sản.
Trước sự đòi hỏi ngày càng cao của sản xuất thủy sản khi thực hiện chuyển đổi cơ cấu kinh tế nhằm tăng hiệu quả và đáp ứng cơ chế hội nhập kinh tế quốc tế, ngày 30/7/2007, Bộ trưởng Bộ Thủy sản (nay là Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) đã có Quyết định số 1043/QĐ-BTS về việc phê duyệt Đề án chuyển đổi Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản III sang hoạt động theo cơ chế tự trang trải kinh phí theo quy định tại Nghị định 115/2005/NĐ-CP của Chính phủ và ngày 23/10/2007, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã có Quyết định số 3220/QĐ-BNN-TCCB về việc sửa đổi, bổ sung chức năng, nhiệm vụ mới cho Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản III, bao gồm 19 nhiệm vụ cụ thể.
Qua 30 năm hoạt động, xây dựng và phát triển, đến nay cơ cấu tổ chức bộ máy của Viện mở rộng (gồm 4 Trung tâm và 7 phòng chức năng), số lượng cán bộ, công chức, viên chức tăng (177 người với 9 Tiến sỹ; 39 Thạc sỹ; 87 đại học, cao đẳng và 14 trung cấp chuyên nghiệp. Hiện đang đào tạo 15 Nghiên cứu sinh và 22 Cao học trong và ngoài nước) và tuy với lực lượng cán bộ khoa học còn trẻ nhưng được sự chỉ đạo của Lãnh đạo Bộ, sự hỗ trợ của các Vụ, Cục chức năng, sự hợp tác tạo điều kiện của các địa phương; với tinh thần khắc phục khó khăn, phát huy lợi thế vùng, tập thể cán bộ công chức, viên chức của Viện đã phấn đấu xây dựng lực lượng cán bộ, cơ sở vật chất, hoàn thành xuất sắc các nhiệm vụ chính trị Bộ giao, ứng dụng các kết quả nghiên cứu vào thực tiễn sản xuất, nuôi trồng thủy sản, tạo việc làm và nâng cao đời sống của người dân vùng duyên hải, phục vụ đắc lực cho sản xuất ngành thủy sản phát triển.